De acordo com a Lei Complementar nº 41/2014, o Secretário Geral compõe a estrutura de governança da Entidade Metropolitana. Atualmente o Secretário Geral está sendo representando pelo Secretário de Desenvolvimento Urbano do Estado da Bahia.
O Secretário Geral participa, sem voto, de todas as reuniões do Colegiado Metropolitano, assim como preside as reuniões do Comitê Técnico.